A pocas horas del plazo que fijó el Tribunal Superior de Bogotá para que la Universidad Nacional devuelva la rectoría a José Ismael Peña, comenzaron a conocerse las primeras renuncias entre los altos directivos que habían sido designados durante la administración anterior bajo el liderazgo de Leopoldo Múnera.

La vicerrectora de la sede Bogotá, Carolina Jiménez, fue la primera en hacer público su apartamiento. Mediante un comunicado dirigido a toda la comunidad de la sede, expresó: "Atendiendo al fallo del Tribunal Superior de Bogotá he presentado el día de hoy mi renuncia a la Vicerrectoría de la Sede Bogotá, la cual se hará efectiva a partir del 19 de febrero de 2026". En su mensaje, Jiménez hizo un recuento de su labor durante los 20 meses en el cargo, señalando que "el balance es positivo" y que "hoy tenemos una sede distinta, incluyente, democrática y puesta al servicio del conjunto de la comunidad universitaria".

Respecto a lo que vendrá, la vicerrectora reconoció que "el momento actual abre una coyuntura compleja para nuestra Universidad, pero sabemos que la fortaleza del conjunto de la comunidad universitaria nos permitirá sortearlo en perspectiva de la defensa de una universidad pública y al servicio del bien común de la sociedad".

Por su lado, Andrés Felipe Mora también presentó su renuncia como vicerrector general. Mora había estado actuando como rector encargado de manera temporal mientras se resolvía el litigio judicial que finalmente dio como ganador a José Ismael Peña.

Aunque no todos renuncian, sí reconocen la decisión. Luz Stella Cadavid, vicerrectora de la sede Palmira, y Belizza Janet Ruiz Mendoza, vicerrectora de la sede Manizales, emitieron un comunicado conjunto en el que, sin presentar renuncia, dejaron claro que respetan el fallo: "Esta determinación es producto de un proceso jurídico, adelantado en el marco del Estado social de derecho, ante lo cual la universidad es respetuosa".

Otros actores universitarios también se han pronunciado pidiendo templanza en estos momentos de transición. Alejandra Sánchez Vásquez, representante de los profesores ante el Consejo Superior Universitario, hizo un llamado al diálogo entre los miembros de la comunidad académica. Por su parte, un grupo de decanos de al menos once facultades de la sede Bogotá emitió un comunicado conjunto reafirmando su compromiso con la institución, "sin desconocer las consecuencias que dicha decisión tiene en la vida universitaria".