La comparecencia de José Luis Rodríguez Zapatero ante la Audiencia Nacional el miércoles 17 de junio marcó un momento sin precedentes en la política española: la primera declaración judicial de un expresidente del Gobierno como investigado. Ante el juez José Luis Calama, Zapatero se enfrentó a acusaciones de integrar una "estructura estable y jerarquizada" dedicada al tráfico de influencias, específicamente para beneficiar a la aerolínea Plus Ultra, que recibió 53 millones de euros en ayuda pública durante la pandemia del Covid-19. El exlíder socialista negó categóricamente haber ejercido presión alguna sobre instituciones del Estado en favor de la compañía.

Durante su declaración, Zapatero reconoció mantener vínculos profesionales con directivos de Plus Ultra, pero los describió como meramente consultivos. Explicó que trabajaba para la empresa Análisis Relevante proporcionando asesoría en asuntos internacionales, particularmente sobre Latinoamérica. Según los registros judiciales, esa compañía le pagó casi 491.000 euros, mientras que una agencia de publicidad constituida por sus hijas recibió más de 239.000 euros de Plus Ultra. El expresidente negó poseer cuentas en paraísos fiscales como Dubái, presentando una autorización al tribunal para verificar que no tenía sociedades offshore ni activos ocultos. En un comunicado tras su comparecencia, Zapatero expresó: "He estado 29 días en silencio preparando este momento y los que vendrán (...) No tengan ninguna duda de que en los próximos días iré dando las explicaciones oportunas".

La Fiscalía Anticorrupción, apoyada por acusaciones populares del Partido Popular, Ciudadanos y grupos de extrema derecha, solicitó al juez que ordenara la confiscación de pasaportes, prohibición de salir de España y comparecencias quincenales. Sin embargo, el magistrado Calama rechazó todas las medidas cautelares, argumentando que la notoriedad pública de Zapatero hace improbable que intente huir de la Justicia. A pesar de esto, el juez reconoció que las declaraciones del expresidente "no han logrado desvirtuar los indicios racionales de criminalidad" en su contra.

Paralelamente a la investigación sobre Plus Ultra, Zapatero enfrenta una causa separada por delito fiscal y contrabando. La Policía encontró en su despacho casi 80 joyas valoradas en 1,3 millones de euros, incluyendo collares de oro blanco con diamantes por 278.000 euros y otro de zafiros tailandeses por 220.000 euros. Zapatero inicialmente atribuyó estas piezas a herencias de su madre y suegra, pero se negó a responder preguntas sobre este tema durante la comparecencia, alegando que necesitaba más tiempo para preparar su defensa en este aspecto del caso.