Casi dos años de disputa judicial terminaron el miércoles 19 de febrero cuando José Ismael Peña se posesionó oficialmente como rector de la Universidad Nacional de Colombia. La ceremonia, realizada en la casa del profesor, cumplió con la orden que el Tribunal Superior de Bogotá había emitido en segunda instancia, ordenando al Consejo Superior Universitario que lo restituyera en el cargo que había perdido.

Horas antes de que venciera el plazo de 48 horas que había fijado el tribunal, el máximo órgano colegiado de la universidad sesionó de manera extraordinaria en las instalaciones de la Hemeroteca Nacional para acatar formalmente el fallo. Aunque la mayoría de los consejeros, incluyendo al viceministro de Educación Superior Ricardo Moreno Patiño, manifestó su inconformidad con la decisión judicial, votaron para hacer efectivo el regreso de Peña. Sin embargo, la representante estudiantil María Gabriela Delgado se retiró del recinto antes de la firma del acta, argumentando que así lo había decidido la asamblea estudiantil. Afuera del edificio, estudiantes se manifestaban en contra de la orden judicial.

En la resolución aprobada se dio por terminado el encargo de la rectoría que venía ejerciendo Andrés Felipe Mora desde el 25 de noviembre. Esta cadena de cambios en la dirección comenzó cuando el Consejo de Estado anuló la designación de Leopoldo Múnera, quien ocupaba el cargo anteriormente.

Una propuesta presentada por María Alejandra Rojas Ordóñez, designada por el Presidente de la República, pidió que la universidad solicitara a la Corte Constitucional que revisara el fallo de tutela. Seis de los siete consejeros presentes aprobaron esta solicitud. Aunque existe la posibilidad de que la Corte revise el caso, esto no es obligatorio: la institución puede decidir si el asunto merece crear jurisprudencia para controversias futuras.

Las consecuencias del cambio se vieron de inmediato. Vicerrectores que habían sido nombrados durante la administración de Múnera comenzaron a presentar renuncias. Carolina Jiménez, vicerrectora de la sede Bogotá, comunicó su renuncia efectiva a partir del 19 de febrero. En su mensaje a la comunidad universitaria hizo balance de su gestión: "tras 20 meses en la dirección del gobierno universitario, el balance es positivo. Podemos decir con certeza y entereza que hoy tenemos una sede distinta, incluyente, democrática y puesta al servicio del conjunto de la comunidad universitaria".

Otras vicerrectoras como Luz Stella Cadavid (sede Palmira) y Belizza Janet Ruiz Mendoza (sede Manizales) no anunciaron renuncias pero emitieron comunicados asegurando que acatarían la orden judicial y respetarían la autonomía de las autoridades judiciales.

Alejandra Sánchez Vásquez, representante de los profesores ante el Consejo Superior, hizo un llamado al diálogo y al respeto entre los miembros de la comunidad universitaria. En su comunicado pidió a los docentes demostrar que "la prudencia y el respeto deben prevalecer más allá de toda diferencia argumental" en medio de las tensiones que se viven en los campus.