Después de meses de incertidumbre en la Universidad Nacional de Colombia, el Tribunal Superior de Bogotá puso un punto final a la disputa por la rectoría. La sala tercera de decisión laboral ordenó de manera perentoria al Consejo Superior Universitario que restituya a José Ismael Peña Reyes en el cargo para el cual fue elegido hace cerca de dos años. El plazo no deja lugar a dudas: 48 horas máximo. En el fallo, el tribunal fue claro al señalar que el Consejo Superior Universitario deberá "adoptar las medidas necesarias para hacer efectivo el ejercicio del cargo de Rector por parte del señor José Ismael Peña Reyes, conforme al Acta 05 del 21 de marzo de 2024".

Lo que el tribunal determinó fue que el Consejo Superior cometió un error de interpretación grave. Cuando el Consejo de Estado anuló la designación de Leopoldo Múnera por irregularidades administrativas, el Consejo Superior decidió que eso no significaba restituir a Peña de inmediato. En su lugar, nombró un rector encargado y pidió aclaraciones. Pero para los magistrados de segunda instancia, eso no tiene fundamento legal. El tribunal concluyó que el Consejo Superior hizo una "lectura inadecuada" de las decisiones previas del Consejo de Estado. Lo que ese tribunal había decidido era que Múnera no debería haber sido designado porque la elección original de Peña era válida. No se trataba de anular automáticamente nada, sino de reconocer que un acto administrativo sigue siendo vigente.

La magistrada Luz Marina Ibáñez, quien redactó el fallo, fue aún más allá. Señaló que aunque la autonomía universitaria le da a las instituciones de educación superior capacidad para organizarse internamente, esa autonomía tiene límites. Específicamente, no puede usarse para ignorar actos administrativos que siguen siendo válidos ni para evadir el control judicial. En palabras de la magistrada, la autonomía no está por encima de una decisión judicial. Una universidad no puede simplemente desatender lo que un juez ordena amparada en su independencia académica.

El trasfondo de este embrollo se remonta a 2024. Peña fue elegido rector el 21 de marzo de ese año. Pero tiempo después, el Consejo Superior lo destituyó y nombró a Múnera. El Consejo de Estado anuló esa designación en noviembre de 2025, determinando que el Consejo Superior no tenía facultades para dejar sin efecto una elección que ya había sido válida. Pese a esto, la universidad mantuvo a un rector encargado en lugar de restituir a Peña, generando una crisis institucional que afectó toda la gestión académica y administrativa.

Lo relevante ahora es que esta decisión es definitiva. El abogado Saúl Orlando León explicó que al tratarse de una sentencia de segunda instancia en una acción de tutela, no hay recursos que paralizar la orden. Aunque el caso irá a la Corte Constitucional para eventual revisión, eso no suspende el cumplimiento de la orden. El Consejo Superior tiene que actuar en 48 horas.

Sin embargo, la noticia de la restitución de Peña generó reacción inmediata en la comunidad estudiantil. En asamblea extraordinaria en la sede Bogotá, estudiantes y otros miembros de la universidad se pronunciaron contra la decisión judicial, argumentando que desconoce la autonomía y la democracia universitaria. Como resultado, aprobaron un paro de una semana para presionar una discusión más amplia sobre quién decide realmente el futuro de la institución: los jueces o la propia comunidad académica. En las próximas horas se sabrá si el Consejo Superior acata la orden o enfrenta nuevas confrontaciones que profundicen la crisis en la principal universidad pública del país.