La Procuraduría General de la Nación tiene varios funcionarios del Gobierno bajo investigación por sospechas de participación indebida en política. El procurador Gregorio Eljach reveló en una entrevista en Caracol Radio que ya adelantan 89 expedientes contra servidores públicos acusados de usar sus cargos para favorecer causas partidistas, una conducta que la ley colombiana expresamente prohíbe. Algunos de estos casos ya están próximos a formalizarse con pliegos de cargos.

El ministro del Interior Armando Benedetti es uno de los nombres que más aparecen en estas investigaciones. Según reportó la revista Semana, dos indagaciones en su contra se sustentan en publicaciones que habría hecho en redes sociales. Una de ellas corresponde al 17 de enero, cuando aseguró que "ningún candidato a la presidencia le ganaría a Gustavo Petro si hubiera reelección". Además, en marzo de 2025 habría hecho llamados públicos para la creación de un "frente amplio progresista" dirigido a derrotar candidaturas de derecha, actos que la Procuraduría interpreta como participación política indebida.

La ministra de Transporte María Fernanda Rojas también enfrenta un proceso disciplinario. El caso proviene de su participación en un foro académico en la Universidad Nacional sede Manizales durante agosto de 2025, donde presuntamente sostuvo una pancarta en apoyo al partido Alianza Verde mientras se discutía el futuro de la Autopista del Café. Este gesto está siendo analizado como una posible intervención política de la funcionaria.

El ministro del Trabajo Antonio Sanguino está siendo investigado por un mensaje publicado en sus redes sociales en respuesta a la alianza que formaron los expresidentes Álvaro Uribe y César Gaviria a finales del año pasado. En ese mensaje, Sanguino se refirió al acuerdo político como "la alianza de la parapolítica y el neoliberalismo", lo que activó las alertas de la Sala Disciplinaria de Instrucción.

El exministro de Justicia Luis Eduardo Montealegre, quien renunció en octubre de 2025, dejó procesos abiertos tras su salida del cargo. En una entrevista antes de abandonar su puesto, Montealegre expresó: "me identifico más con el proyecto político y la concepción del mundo que tiene Iván Cepeda", mientras criticaba la candidatura de Abelardo De la Espriella. Estas declaraciones son analizadas como indicios de participación política indebida.

El procurador Eljach manifestó su aspiración de que estos procesos avancen rápidamente. "Tengo la aspiración de que eso sea rápido y que Colombia se entere de esos resultados, no sé si positivos o negativos, pero habrá", expresó durante la entrevista radial. Las investigaciones buscan determinar si desde el aparato estatal se ha favorecido indebidamente a candidatos o movimientos políticos durante los procesos electorales.