La Misión de Observación Electoral presentó un balance preocupante tras la jornada de votación del 31 de mayo: recibió 319 reportes ciudadanos denunciando presuntas irregularidades electorales en distintas regiones del país. Los colombianos utilizaron la plataforma Pilas con el Voto para alertar sobre situaciones que van desde afectaciones al voto libre hasta dificultades logísticas y problemas en los puestos de votación.

Según la directora de la MOE, Alejandra Barrios, una de las principales preocupaciones fue la protección del sufragio secreto. La organización fue enfática al recordar que "el voto secreto es un derecho" y que ningún ciudadano puede ser obligado a revelar su elección electoral. Este tema tomó relevancia porque en el 12 % de las mesas observadas se encontró a jurados portando elementos asociados a campañas políticas, algo que va contra la independencia e imparcialidad que deben mantener quienes administran las mesas.

Los problemas tecnológicos fueron otro foco de atención. En el 37 % de las mesas monitoreadas se registraron inconvenientes con la cédula digital, situación que obligó a los observadores a pedir un fortalecimiento en los procedimientos tecnológicos. Además, en el 20 % de las mesas se reportó a testigos electorales usando elementos de campaña distintos a los autorizados, lo que llevó a la MOE a solicitar a partidos y movimientos políticos que respeten las disposiciones vigentes.

Las dificultades logísticas también causaron molestia entre los electores. Hasta las 10:00 a. m. ya había 60 reportes sobre retrasos en la apertura de puestos de votación, problemas de acceso a plataformas de acreditación de testigos y largas filas por congestión. En el exterior, desde consulados en Canadá, Malta y Estados Unidos llegaron denuncias sobre limitaciones de capacidad que dificultaron el voto de colombianos en el extranjero.

En zonas rurales, la situación fue más delicada. En el corregimiento de Filo Gringo, municipio de El Tarra en Norte de Santander, se presentaron enfrentamientos entre grupos armados ilegales. En Caquetá fue reportada la activación de un artefacto explosivo, mientras que en Nariño se denunció control de movilidad por parte de Grupos Armados Organizados. En Tibú, Norte de Santander, dos hombres dañaron formularios electorales dentro de un puesto de votación, aunque el material fue asegurado.

Los ciudadanos también reportaron inconsistencias administrativas graves: errores en la identificación de votantes, registros equivocados de firmas y huellas, y casos de personas que aparecían como votantes aunque no habían sufragado. Algunos reportes señalaron formularios presuntamente firmados antes de que llegaran los electores, así como presencia de publicidad política dentro de centros de votación. La mayoría de denuncias se concentró en Bogotá e Ibagué, seguidas por Medellín, San José del Guaviare y la región de Bucaramanga.

La MOE hizo énfasis en la importancia de esperar los resultados oficiales mientras avanzan las fases de preconteo y escrutinio, e insistió en acudir a fuentes institucionales para consultar información del proceso electoral. Aunque la organización señaló que los hechos reportados no afectaron de manera general el desarrollo de las votaciones, quedó clara la necesidad de que las autoridades competentes evalúen cada una de estas situaciones.