La inasistencia de jurados fue una de las dificultades reportadas durante la segunda vuelta presidencial. La Procuraduría informó que más de 14 mil de estos funcionarios no comparecieron a sus puestos de votación distribuidos en 401 municipios del país. A pesar de este contratiempo, el Ministerio Público también reportó haber recibido 521 informes sobre conductas que podrían comprometer la jornada electoral, los cuales llegaron al Centro de Comunicaciones y Analítica Avanzada de la entidad en Bogotá.

Los reportes provinieron de distintas fuentes. "En lo transcurrido de la jornada se han recibido 242 reportes provenientes de ciudadanos, 126 por parte de funcionarios de la entidad que realizan vigilancia electoral en las diferentes mesas de votación del país, 93 de la Cancillería y 60 reportadas por las distintas personerías", informó el Ministerio Público. La Procuraduría, bajo la dirección de Gregorio Eljach, desplegó 3.479 servidores en los 32 departamentos y la capital para vigilar el proceso, con funcionarios distribuidos tanto en puestos de votación como en centros de cómputo y escrutinios.

El registrador nacional, Hernán Penagos Giraldo, buscó tranquilizar a los ciudadanos sobre la integridad del proceso. Enfatizó que "el escrutinio se hace con actas físicas, no con imágenes", aclarando que estas últimas tienen únicamente un carácter informativo para que partidos y campañas puedan consultar y presentar reclamaciones. Dirigiéndose a los colombianos, pidió que votaran "con toda tranquilidad y entusiasmo, entendiendo que se trata de una forma de reivindicar los derechos democráticos, porque nada justifica las agresiones, los maltratos ni la hostilidad. Aquí todos somos compatriotas".

El director de la Policía, general William Rincón, hizo un llamado sobre el carácter secreto del voto y recordó que está completamente prohibido tomar fotografías, grabar videos o realizar cualquier registro audiovisual dentro del cubículo de votación.

Desde tempranas horas, las autoridades establecieron un Puerto de Mando Unificado para monitorear permanentemente el desarrollo de la jornada en los 32 departamentos. El ministro de Defensa, Pedro Sánchez, informó que la Fuerza Pública desplegó más de 408 mil uniformados en todo el territorio nacional, de los cuales 248 mil estuvieron enfocados directamente en el Plan Democracia.

La defensora del Pueblo, Iris Marín, proyectó un mensaje de confianza. Señaló que contaban con "mucha tranquilidad y mucha confianza en que las instituciones van a poder garantizar una jornada de votación tranquila", aunque reconoció que todo proceso electoral conlleva riesgos. Para reforzar la transparencia, la Defensoría desplegó un operativo con más de 2.300 personas, incluyendo funcionarios y defensores públicos, distribuidos en miles de mesas de votación en coordinación con la Procuraduría y las Personerías. Esta vigilancia no se limitó a las horas de votación, sino que se intensificó al momento del cierre de urnas.