Con los votos ya contabilizados, la Fiscalía General de la Nación mantiene su operación para investigar las conductas que hayan vulnerado la transparencia electoral y las garantías democráticas del país. Los fiscales y agentes de policía judicial están verificando denuncias y hechos delictivos relacionados con el proceso de votación.

Durante la jornada electoral se registraron ocho capturas directas por delitos electorales. En Popayán, autoridades aprehendieron a cuatro mujeres y un hombre acusados de corrupción al sufragante, tras presuntamente verificar certificados electorales de ciudadanos que habrían votado por una colectividad política específica e incorporar sus datos en listados. En Cumaral, Meta, fue capturada una persona por falsedad personal después de intentar suplantar a un testigo electoral. En Valledupar, Cesar, aseguraron a una mujer señalada de voto fraudulento al evidenciarse que votó en dos mesas diferentes.

La Fiscalía abrió además diez investigaciones criminales por delitos electorales en Bogotá, Caquetá, Chocó, Nariño, Risaralda y Sucre, más 107 casos adicionales por otros delitos que afecten la seguridad ciudadana. Uno de estos casos llamó especialmente la atención: la alcaldesa de El Paujil, Caquetá, Latia Sindy Castillo Muñoz, fue vinculada por constreñimiento al sufragante después de que apareciera en un video con la imagen explícita de Iván Cepeda, siendo investigada por la Dirección Especializada contra la Corrupción.

De forma paralela, equipos del Cuerpo Técnico de Investigación y la Policía Nacional ejecutaron 85 órdenes de captura en once departamentos: Antioquia, Cauca, Valle del Cauca, Huila, Bolívar, Casanare, Córdoba, Cundinamarca, Tolima, Magdalena y La Guajira. Estos detenidos eran buscados por delitos graves como homicidio, concierto para delinquir, extorsión, tráfico de estupefacientes, hurto, violencia intrafamiliar y delitos contra menores. Incluso uno de los capturados era jurado de votación en Hato Corozal, Casanare, y estaba siendo buscado por acto sexual con menor de 14 años.

En un hecho positivo, 77 personas que figuraban en registros oficiales como desaparecidas reaparecieron en puestos de votación distribuidos en quince departamentos: Cesar, Atlántico, Bolívar, Norte de Santander, Santander, Boyacá, Antioquia, Valle del Cauca, Caldas, Quindío, Cundinamarca, Caquetá, Putumayo, Huila y Guaviare. A cada una de ellas se les expidió acta de supervivencia y fueron descargadas de los registros de desaparición.