La polémica por la suspensión del presidente Gustavo Petro escaló a instancias penales. Luis Felipe Henao, abogado y exfuncionario público, presentó una denuncia formal ante la Corte Suprema de Justicia acusando a la representante Gloria Arizabaleta de prevaricato por acción. El delito, consagrado en el artículo 413 del Código Penal, contempla penas de hasta 12 años de prisión y se configura cuando un servidor público toma decisiones manifiestamente contrarias a la Constitución o la ley.

Henao sostiene que Arizabaleta, como presidenta de la Comisión de Acusación, se atribuyó competencias que no le corresponden. Según su argumento, ella ordenó unilateralmente la suspensión provisional del jefe de Estado hasta el 21 de junio usando un procedimiento que no era el adecuado. El jurista asegura que Arizabaleta ignoró el trámite constitucional especial que existe para el presidente y aplicó directamente el Código General Disciplinario. Para Henao, la situación es "grotesca" porque la medida fue camuflada como un auto de sustanciación cuando en realidad implica una decisión de fondo que afecta al mandatario.

Según el derecho constitucional colombiano, la suspensión de un presidente es competencia exclusiva del Senado, previa acusación que formule la Cámara de Representantes. Henao solicita que se investigue si Arizabaleta violó los artículos 4, 174, 175 y 194 de la Constitución Política.

Consultada por expertos en derecho administrativo y electoral, la abogada Ximena Echavarría reconoce que Arizabaleta sí tiene facultades como presidenta de la Comisión para emitir ciertos autos. Sin embargo, cuando una decisión implica asuntos de fondo como una suspensión, debe ser sometida a consideración y votación de todos los miembros de la Comisión en pleno, no puede ser tomada de manera individual.

Tras la polémica generada, el documento inicial fue modificado. Se agregó entonces un Auto de sustentación estableciendo que la decisión será "sometida en grado de Consulta conforme lo establecido en el artículo 217 de la Ley 1952 de 2019" ante la Comisión de Investigación y Acusación en sesión plenaria. Este cambio reconoce que la decisión requería aprobación de la comisión completa y no solo de su presidenta.