Las urnas cerraron y comenzó el largo trabajo de escrutinio a las 4:00 p.m. en todo el país. Aunque en los primeros boletines Iván Cepeda parecía llevar ventaja, pronto la tendencia cambió y fue Abelardo De la Espriella quien comenzó a marcar el ritmo en la mayoría de los reportes electorales. Lo que quedó claro desde el principio fue que Colombia estaba profundamente dividida.

El mapa electoral reveló una geografía política clara: el centro del país se enfrentó directamente con las periferias. De la Espriella construyó su victoria principalmente en la región andina central, con dominio absoluto en Antioquia donde superó a Cepeda por cerca de un millón de votos. También ganó en departamentos como Santander, Boyacá, Cundinamarca, Tolima y los llanos orientales, un corredor histórico de tendencia más conservadora. Además, se impuso en el voto de colombianos en el exterior. Hacia las 5:00 p.m., ya con el 75% del país escrutado, De la Espriella lideraba en 18 de los 32 departamentos.

Cepeda, por su parte, consolidó su votación en las periferias: dominó todas las costas caribeñas, la región del Pacífico con departamentos como Cauca y Nariño, la zona amazónica del sur y, crucialmente, Bogotá. En la capital, Cepeda sacó una diferencia significativa con 2.233.461 votos contra 1.930.990 de su rival. Similar ocurrió en el Valle del Cauca y el Atlántico, donde también se impuso con márgenes considerables.

Aunque Cepeda acortó distancias hacia el final del escrutinio, nunca logró alcanzar a De la Espriella. Con el 99.70% de las mesas informadas, De la Espriella contaba con 12.927.006 votos, mientras que Cepeda tenía 12.681.268. Ninguno de los dos candidatos superó el 50% del total de sufragios.

El resultado fue histórico por volumen electoral: más de 26 millones de colombianos votaron, la cifra más alta en la historia electoral del país. El 63,42% de los electores habilitados ejerció su derecho al voto. Ambos candidatos habían prometido respetar el resultado, pero las campañas dejaron claro el nivel de polarización que existía en el país, una división que los números finales no hicieron más que ratificar en el mapa.