La fórmula presidencial del Pacto Histórico encabezada por Iván Cepeda enfrentó un trámite complicado en su inscripción. Aída Quilcué, quien acompañaría a Cepeda como candidata a la Vicepresidencia para las elecciones de primera vuelta programadas para el 31 de mayo, se vio envuelta en cuestionamientos sobre su elegibilidad legal. El proceso de inscripción se demoró más de cinco horas, tiempo durante el cual se aclararon diversos aspectos sobre la trayectoria política de la lideresa indígena.

La preocupación surgía de un detalle en el historial de Quilcué. Cuando estuvo al frente del Movimiento Alternativo Indígena y Social, el MAIS, aparentemente avaló la inscripción de Roy Barreras a una consulta interpartidista. Esta situación podría haber configurado lo que legalmente se conoce como doble militancia, un impedimento constitucional para aspirar a cargos de elección. Sin embargo, especialistas y dirigentes políticos rechazaron esa interpretación.

La senadora María José Pizarro fue clara en su defensa: "la senadora y lideresa indígena Aida Quilcué no está inhabilitada ni tiene impedimento legal o constitucional para aspirar a la Vicepresidencia de la República, ni se encuentra incursa en doble militancia". Pizarro explicó que Quilcué fue elegida por el MAIS para el período 2022-2026, pero posteriormente se trasladó al Partido Progresistas como resultado de una escisión formal del MAIS, y actualmente forma parte del Pacto Histórico tras la fusión de ese partido. El exmagistrado del Consejo Nacional Electoral Luis Guillermo Pérez coincidió en que no habría obstáculo legal para su participación en la campaña.

El Pacto Histórico emitió un comunicado precisando los pasos legales seguidos. Mediante Resolución 09111 del 3 de septiembre de 2025, el Consejo Nacional Electoral aprobó la escisión del MAIS, de la cual surgió el Partido Progresistas. El organismo electoral permitió que los afiliados al MAIS se trasladaran voluntariamente al nuevo partido. Quilcué, junto con otros integrantes, se acogió a esa facultad. Posteriormente, el 4 de diciembre, el Partido Progresistas fue absorbido por el Pacto Histórico, lo que significó que todos sus integrantes pasaron automáticamente a formar parte del movimiento presidencial.

La dirección nacional del Pacto Histórico dejó en claro que "la senadora y lideresa indígena Aída Quilcué no está inhabilitada ni tiene ningún impedimento legal o constitucional para ser nuestra próxima Vicepresidenta, ni está incursa tampoco en ninguna causal de doble militancia". Los dirigentes de izquierda interpretaron los cuestionamientos como intentos de obstaculizar la participación democrática del Pacto Histórico y de una lideresa indígena que también es víctima del conflicto armado.